A criação do Museu Arqueológico de Sambaqui de Joinville, em 1969, resultou da compra da coleção arqueológica pertencente ao pesquisador amador Guilherme Tiburtius, em 1963. Em 1972, com a inauguração de seu prédio, concebido pelo arquiteto Sabino Barroso e pelo museólogo Alfredo Rusins, o MASJ passa a ter a guarda permanente de materiais arqueológicos da região, que são propriedade da União. Seu prédio tem salas para exposições, laboratórios, reserva-técnica, auditório, biblioteca e salas administrativas. Atualmente, o Museu possui projeto de reforma e ampliação, em fase de captação de recursos.

O esforço Institucional sempre foi direcionado para as áreas de pesquisa, preservação e comunicação do Patrimônio Arqueológico. Para isto, realizou ações no sentido de promover a ampliação de quadro de pessoal técnico, a criação e instalação do Conselho Técnico Científico, a aprovação de Plano Diretor e o estabelecimento de Programas Institucionais, buscando atender sua missão que é contribuir para o avanço do conhecimento sobre o patrimônio cultural visando o estabelecimento de uma relação preservacionista dinâmica e interativa entre o patrimônio e a sociedade.

A região nordeste de Santa Catarina é marcada pela existência abundante de sítios arqueológicos pré-coloniais, principalmente de tipologia sambaqui. Com a Lei Orgânica de 1990, o MASJ, juntamente, com o IPHAN, com quem tem Convênio e Cooperação Técnica, assume a responsabilidade pela preservação do patrimônio arqueológico, in situ, que são os sítios e ex situ, os objetos sob sua guarda na sede.

O MASJ possui duas exposições itinerentes: Ossos para Ofício e Afinal, o que é Arqueologia?, sendo está última adaptada para portadores de deficiência visual. Para obter o empréstimo delas deve-se fazer contato com a secretaria do Museu.